Научно-изследователската дейност на НРЛ по микология към отдела по микробиология е свързана с разработването на експериментални методи за изследване особеностите на микотичните инфекции и прилагането на практика на диагностичните методи.

Научно-изследователската дейност на референтната лаборатория по стрептококи и дифтерия се финансира от Национален Съвет "Научни изследвания" при Министерство на образованието и науката чрез участие в конкурси. До сега лабораторията е получила финансиране и е завършила работа по три договори.

Основни направления на научно-изследователската дейност на НРЛ по стрептококи и дифтерия са:

• Изследване на патогенността на клинични изолати Streptococcus pyogenes чрез генетични и фенотипни методи: продукция на пирогенни токсини, ензими, инвазини, М протеин. Прилагат се полимеразно-верижна реакция (PCR) за детекция на гени, кодиращи съответните фактори на патогенност, секвениране на emm гена, кодиращ М протеина, серотипизиране и др. методи.
• Проследяване на честотата и новото на антибиотична резистентност на клинични стрептококови изолати във времето; изследване на механизмите на макролидна резистентност чрез PCR за детекция на ermB, ermTR и mefA – гените, кодиращи различните механизми. Изследват се различните фенотипове и резистотипове.
• Епидемиологично маркиране на стрептококови изолати чрез генетични методи като emm секвениране, електрофореза в пулсово поле (PFGE) и др.

Основни направления на научно-изследователската дейност на референтната лаборатория по стафилококи са:

• Проучване на факторите на патогенност при S. aureus и коагулаза-негативни стафилококи с цел сравняване на щамове, изолирани при асимптомно носителство с такива от инфекции с различна локализация. Използват се методи като изследване на биофилм (слайм) продукция при S. aureus и CNS, PCR детекция на гени кодиращи фактори на вирулентност - ентеротоксини, токсик-шок синдром токсин-1, Panton-Valentine левкоцидини адхезини, като колаген- и фибронектин-свързващи протеини.
• Типиране на метицилин-резистентни Staphylococcus aureus (MRSA), изолирани в болници в различни райони на страната с оглед установяване на клоналните връзки между щамовете. Цел на проучванията са дефиниране на превалиращите в страната епидемични вътреболнични щамове MRSA, тяхното разпространение в страната и свързването им с определен генотип на токсин-продукция и определен фенотип на антибиотична резистентност.
• Характеризиране и типиране на придобити в обществото MRSA, сравняването им с придобитите в болниците щамове, както и проучване на факторите им на вирулентност, свързани с повишена патогенност, като Panton-Valentine левкоцидин. За типиране на стафилококови изолати лабораторията използва както фенотипни методи като фаготипиране, тако и генотипни методи като PCR-базирани техники, определяне на токсинови генотипове, макрорестрикционен анализ чрез електрофореза в пулсово поле (PFGE) и секвенционно типиране чрез секвениране на spa-гена, кодиращ протеин А (spasequencetyping). Лабораторията участва в Европейската програма Seqnet.org, представляваща мрежа от лаборатории, изпълняващи секвенционно типиране и обменящи резултати чрез интернет база данни. Програмата има за цел дефиниране на превалиращите клонове MRSA, разпространени в Европа.
• Носното носителство на S. aureus като рисков фактор за стафилококови инфекции – изследване с фено- и генотипни методи на връзката на носното носителство със стафилококови кожни инфекции, постоперативни раневи инфекции, катетър-свързани инфекции, бактериемии и др.