Направление Микози оптимизира и усъвършенства етиологичната диагностика на актуалните и широко разпространени гъбични инфекции, особено сред имунокомпрометирани пациенти, като често тези инфекции са с тежка прогноза и висок леталитет. Някои от гъбичните щамове са първично резистентни на антимикотична терапия, други са с висок процент на резистентност, поради което не следва лечебният подход да е емпиричен, а да е съобразен с точната видова идентификация и изследване на чувствителност към антимикотици.
В направление Микози се провеждат изследвания на клинични проби за доказване причинители на гъбични инфекции – дрожди, плесени и дерматофити. За целта се прилагат следните методи: идентификация на медицински значими гъбички - дрожди, плесени, дерматофити; потвърждаване на щамове, причиняващи гъбични инфекции; серологично доказване на медицински значими гъбички (Candida, Aspergillus, Cryptococcus) и проучване на устойчивостта към антимикотици на гъбичните изолати.
Осъществяват се имунофлуоресцентна микроскопия и съвременна матрична лазерно-десорбционна/йонизационна мас-спектрометрия (MALDI-TOF) за бърза идентификация. Прилага се единствена по рода си серологична диагностика на рядко срещани ендемични микози – histoplasmosis, coccidioidomycosis и blastomycosis.
Усилията са насочени и към оптимизиране на протоколите за молекулярно генетичните методи с цел по-бърза и точна диагностика на системни микотични инфекции. Тези методи предлагат освен по-бърза, но и по-специфична идентификация на патогенни микроорганизми в сравнение с традиционните фенотипни методи. Това налага да се промени и концепцията за емпирична терапия при фебрилно, неповлиявано от антибиотици състояние.
