Развитието на микробиомния анализ в областта на медицинските изследвания на хроничните и латентни инфекции е фундаментално и перспективно направление.
В направлението за първи път в страната се изследва микробиомът при човека, животните и околната среда и се извършва екологично проследяване и метагеномен анализ на нови и отново възникващи зоонози и патогени. Осъществява се историческо проучване на минали епидемии, причинени от особено опасни бактериални патогени.
В направление Микробиом беше секвениран използваният щам SL222 София – за производството на българската БЦЖ ваксина. Описан беше пълният геном, проследен беше произходът и еволюцията за последните 100 години и оценена геномната стабилност на ваксиналния щам.
