Направлението Контрол и мониториране на антибиотичната резистентност (КМАР) има за цел стандартизиране методите за изпитване на антибиотичната резистентност в съответствие с европейските стандарти (EUCAST); извършване надзор на антимикробната резистентност (АМР) и консумация на антибиотиците на национално ниво.
В дейността си направление КМАР разчита на съвременна MALDI-TOF масспектометрия за идентификация на различни видове микроорганизми, сред които Грам-отрицателни и Грам-положителни бактерии, както и клинично значими гъбички, всички отличаващи се с рисков потенциал за здравето в доболничния и болничен сектор.
Разработените и оптимизирани фенотипни (CarbaNP, ColiSpot test) и multiplex Real-Time PCR методи за доказване на гени за АМР са ключови в проучването на резистентността към антибиотици от последен избор на лечение (карбапенеми и колистин), към антибиотици от ново поколение (цефтазидим/авибактам, меропенем/ваборбактам, цефидерокол и др.), както и за различни антибиотични комбинации със синергичен ефект на взаимодействие.
В направление КМАР се извършва молекулярна диагностика на трудно култивируемите Clostridioides difficile, която съчетава едновременно идентификация и определяне на токсини посредством амплификация в реално време. Извършва се генетично типиране с PCR-риботипиране и MLVA метод за разграничаване на токсигенните типове C. difficile, циркулиращи на локално и национално ниво.
Екипът в направлението разполага с богат опит в извършването на филогенетични и молекулярно-епидемиологични анализи за определяне на генетичната свързаност на клиничните изолати при обследване на вътреболнични взривове, посредством методи за типиране (PFGE, MLVA, MLST и др.), което е от изключително значение при овладяването им и ограничаване разпространението на АМР.
През последните години направление КМАР успешно разшири дейността си в областта на секвенрането от ново поколение (NGS) чрез 21 нови апарати (Miseq, NextSeq 550 Illuminа) и MinIon MK1C, Oxford Nanopore Technologies) за извършване секвениране на цял геном (WGS). Специалистите от направление КМАР разработиха работни протоколи за представители от разред Enterobacterales, Mycobacterium tuberculosis, Pseudomonas aeruginosa, Clostridioides difficile и др., като общо над 250 разнообразни бактерииални изолата бяха секвенирани и подготвени за последващ анализ, което повиши капацитета на направлението за национален надзор на АМР.
Екипът на КМАР разшири възможностите си за биоинформатичен анализ чрез компютърни работни станции с висока изчислителна мощност. Направление КМАР разполага с разнообразие от биоинформатични платформи и приложения за обработка на секвенции, както и за извършване на последващи анализи. В направлението се провеждат метагеномни проучвания на проби от околна среда чрез ампликоново секвениране на 16S rRNA ген и shotgun секвениране за доказване на гени за АМР.
