В допълнение към класическите методи за идентификация на Escherichia coli, Salmonella spp., Campilobacter spp. и други чревни бактерии, направление Чревни инфекции използва съвременните: матрична лазерно-десорбционна/йонизационна мас-спектрометрия (MALDI-TOF) и VITEK2. Осъществява се целогеномно секвениране на клинични изолати Salmonella spp., E. coli, Campilobacter spp., чрез апарат Illumina MiSeq System.
Разработени са експресни методи за доказване на Campylobacter jejuni/coli и Salmonella spp. директно в проба фецес чрез LAMP.
Провежда се типиране на вирулентни изолати Yersinia enterocolitica според наличието на гени за експресия на А/В токсини. За токсин продуциращите и ентеро хеморагичните Е.coli се извършва молекулярно типизиране чрез mPCR.
В направлението се извършва експертна оценка, проследяване, доказване и управление на предаваните с храни и води епидемии, прилагайки молекулярно генетични методи като: PFGE, MLVA, MLST, WGS.
Анализира се антимикробната резистентност на E.coli, Salmonella spp., Campilobacter spp.
За доказване синдрома на Гилен-Баре, като усложнение след прекарана чревна инфекция със Campylobacter jejuni, се провежда ELISA за имуноглобулини IgA, IgM, IgG.
