Извършват се всички окончателни изследвания за потвърдителна диагностика на HIV инфекция, както и вирусологичният и имунологичен мониторинг на лицата с HIV в рамките на Националната програма за превенция и контрол на HIV и СПИ. За подобряване на борбата срещу HIV са създадени структурни връзки с клиниките за лечение на лицата с HIV, Министерството на здравеопазването, Регионалните здравни инспекции и неправителствени организации.
Провеждат се диагностични, потвърдителни, специализирани и уникални за страната изследвания чрез широк набор от методи, включващи скринингови изследвания с четвърта генерация ELISA тестове и потвърдителни изследвания с Уестърн блот - Line Immuno Assays (LIA).
Извършват се изследвания за установяване на ранна НІV инфекция с цел наблюдение на развитието на епидемията в страната.
Мониторират се бременни жени и новородени деца, родени от майки с HIV. Извършва се и мониторинг на лицата с НІV за проследяване на вирусния товар чрез Real-Time PCR, като контрол на успеха от антиретровирусната терапия.
Въведено е първото в страната секвениране с капилярен секвенатор по метода на Сангер с терминатори и регулярно се извършва секвениране и генотипиране на HIV и други патогени с голямо значение за общественото здраве. Извършва се филогенетичен и молекулярно-епидемиологичен анализ на въведените и разпространени НІV-1 субтипове на територията на страната и Европа. Интегрирани са и иновативни методи и анализи с най-модерни системи от ново поколение, включително с новогенерационни методи за секвениране с платформата на Illumina. Секвенирането от следващо поколение има потенциала да революционизира генотипирането на резистентност към HIV чрез понижаване на прага, при който редките, но клинично значими варианти на HIV, могат да бъдат открити.
Провеждат се изследвания за лекарствена резистентност чрез секвениране на вирусния геном на HIV като част от вирусологичния мониторинг на пациентите които се лекуват с антиретровирусна терапия. Резултатите от изследванията за антиретровирусна резистентност служат за прецизиране терапията, а агрегираните данни се публикуват, за да са достъпни за научната общност.
Изследвания като генотипиране и секвениране, проследяващи лекарствената резистентност, играят критична роля в борбата срещу HIV/СПИН.
Съвместно с направление Имунология се осъществяват иновативни проучвания върху имунологичното възстановяване на продължително лекуваните лица с HIV инфекция.