Направлението има водеща роля при проследяване циркулацията на грипните вируси и при разшифроване етиологията на грипните епидемии у нас. Извършва целогодишно изследване за грипни вируси на проби от пациенти с остри респираторни заболявания, лекувани в амбулаторни условия или хоспитализирани в различни региони на страната. Освен традиционните методи за изолация и антигенно характеризиране на изолатите (РЗХА) се прилагат съвременни лабораторни техники, директно откриващи вирусните нуклеинови киселини (PCR) и специфичните антитела (ЕLISA). Извършва се уникално за страната субтипиране на грипни вируси чрез Real-Time RT-PCR, изпълняван по препоръчан от СЗО протокол, с праймери и сонди, получавани от Центъра за контрол на заболяванията (CDC) в Атланта, САЩ. Резултатите от изследванията на грипния и на други респираторни вируси се съобщават ежеседмично в интернет-базираната Информационна система за сентинелен надзор на грипа и в системата TЕSSy на ECDC.
Извършва се антигенно и генетично характеризиране на циркулиращите в сраната грипни вируси, като се определя тяхното сходство с актуалните ваксинални щамове. Идентифицират се мутации в гените на повърхностните гликопротеини, а също промени в N-ликозидните участъци, които биха довели до редуцирана ефективност на противогрипните ваксини. Разработен е Multiplex Real-Time PCR, чрез който се извършва рутинно диагностично изследване на сезонни негрипни респираторни вируси – респираторно инцитиален вирус (RSV), метапневмовирус, парагрипни, аденовируси, риновируси, бокавируси и ендемични коронавируси. Провежда се новогенерационно секвениране (NGS), което позволява генетично характеризиране на няколко респираторни вируса, участващи в смесени инфекции.
