Направлението използва съвременната матрична лазерно-десорбционна/ йонизационна мас-спектрометрия (MALDI-TOF) за бърза идентификация на патогенни коки и коринеформени бактерии в допълнение към класическите микробиологични методи.
Въведени са молекулярно генетични методи, базирани на полимеразно верижна реакция (PCR) за детекция на бактериални гени, кодиращи фактори на патогенност (prtF, speA) и механизми на антибактериална резистентност (ermB, ermTR, mefA).
В направлението Патогенни коки и дифтерия се въведе emm секвенционно типизиране за Streptococcus pyogenes за епидемиологично маркиране на клинични изолати, докато години наред се извършваше серотипизиране на Streptococcus pyogenes и Streptococcus agalactiae (1968-2004г.) със заешки серуми собствено производство (и убити ваксини собствено производство).
За Staphylococcus aureus се разработи spa секвенционно типизиране. За Neisseria meningitides се осъществява епидемиологично маркиране на клинични изолати въз основа на гените porA и fetA и чрез MLST.
Използва се пулс фийлд гел електрофореза (PFGE) за епидемиологично маркиране на патогенни коки. Извършва се идентификация на дифтерийни бактерии (C. diphtheriae, C. ulcerans, C. pseudotuberculosis) чрез биохимични методи (API Coryne и захари на Бул Био) и MALDI-TOF.
Извършва се идентификация и на другите видове на род Corynebacterium и на останалите коринеформени родове. Идентифицираните дифтерийни бактерии биват изследвани за токсигенност чрез in vitro метода по Elek.
